Se diferencian fácilmente de los cocodrilos por la forma de su cabeza y morro, más anchos y cortos. Los dientes no sobresalen cuando mantienen la boca cerrada, cosa que sí sucede en los cocodrilos. Los ojos se sitúan en una posición muy atrasada respecto a otros géneros de Crocodilia. El color de la gruesa piel es normalmente oscuro (más en el caso de la especie china) acercándose a veces al negro, aunque no son raros los ejemplares más claros e incluso hay algún caso leucístico.
Ambos sexos son territoriales y a veces se producen violentas luchas por el dominio de éstos. No obstante, suelen evitarlas gracias a su potente rugido disuasorio. Son unos de los pocos reptiles dotados de voz. Los aligátores tienden a tolerar más los individuos de menores dimensiones en las cercanías, mientras que se muestran más estrictos con los de tamaños similares al suyo.
Aligátor chino
Aligátor americano
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